Test SANCO nie może być wykonany przez 12 miesięcy po transfuzji krwi, po przeszczepie szpiku lub narządu, po leczeniu komórkami macierzystymi, bezpośrednio po szczepieniu limfocytami partnera i przed upływem 8 tygodni od obumarcia płodu w ciąży mnogiej, pod warunkiem, że nastąpiło ono nie później niż w 8tc. Większość aberracji chromosomowych u ciężarnej stanowi również przeciwwskazanie do badania SANCO i taką sytuację należy każdorazowo zgłosić lekarzowi. Zaobserwowano, że pewne choroby układu immunologicznego i krwiotwórczego utrudniają uzyskanie wyniku badania. Czasami, również z powodów innych niż wskazane powyżej, test SANCO nie jest właściwym wyborem, więc jego wykonanie każdorazowo powinna poprzedzać konsultacja.
